D选项正确，设计单位应当根据勘察成果文件进行设计，提交的设计文件应当符合相关技术标准规定的设计深度要求，并注明工程及其水工建筑物合理使用年限。
A选项错误，根据《水利工程质量管理规定》，除有特殊要求的原材料、中间产品和设备外，设计单位不得指定生产厂家和供应商。因此，材料生产厂家不是设计文件必须注明的内容。
B选项错误，保修期限通常是在合同或相关法律法规中规定的，而不是在设计文件中特别注明的内容。
C选项错误，同样地，材料供应单位也不是设计文件必须注明的内容，除非有特殊要求。