交通机电设施工程质量评定中要求机电系统不应存在的限制缺陷有明确分类。选项A“线缆无标识，无永久性接线图”和选项C“元器件未固定或固定不牢靠”均属于“机箱内部”的限制缺陷；选项B“电源线、信号线未分开布设、未做好保护处理”属于“室内外设备及布线”的限制缺陷，该类别还包括机柜内有杂物，光、电缆排列不整齐、绑扎不牢固，进出线管口未封堵、无标识等；选项D“进出线管与箱体连接处未做密封”属于“外场机箱外部连接线”的限制缺陷。因此，属于“室内外设备及布线”限制缺陷的是选项B。