水运工程中常用的水泥混凝土矿物掺合料为"粉煤灰、粒化高炉矿渣粉和硅灰"。选项A（粉煤灰）、选项B（粒化高炉矿渣粉）和选项C（硅灰）均属于水运工程常用的三类掺合料。选项D（石灰石粉）虽然属于矿物掺合料，但不是水运工程中常用的掺合料。故正确答案为D。